پروتکل واحد برای استخراج همزمان DNA و پروتئین‌ها

نوع فایل : word

تعداد صفحات : 33

تعداد کلمات : 12000

مجله : Journal of Archaeological Science

انتشار : 2020

ترجمه متون داخل جداول : ترجمه شده است

درج جداول در فایل ترجمه : درج شده است

منابع داخل متن : به صورت فارسی درج شده است

کیفیت ترجمه : طلایی

:

تاریخ انتشار
3 سپتامبر 2020
دسته بندی
تعداد بازدیدها
2101 بازدید
36,000 تومان

عنوان فارسی مقاله:یک پروتکل واحد برای استخراج همزمان DNA و پروتئین‌ها از سنگ دندانی باستان شناسی

 چکیده  

مواد باستان شناسی یک منبع محدود هستند و باید تلاش شود تا تحلیل‌های مخرب به حداقل برسد. این می‌تواند با استفاده از پروتکل‌های ترکیبی از استخراج انواع مختلفی از مولکول‌های زیستی یا ریز ذرات، که باعث کاهش مواد مورد نیاز برای تجزیه و تحلیل در حالی که حداکثر بهره وری اطلاعات می‌شود، حاصل شود. سنگ دندانی باستان شناسی منبع چندین نوع مختلف از مولکول‌های زیستی و همچنین میکرو فسیل‌ها است و می‌تواند در مورد میزبان انسان، میکروبیوم، رژیم غذایی و حتی فعالیت‌های شغلی اطلاعاتی ارایه کند. در اینجا، ما یک پروتکل یکپارچه را ارائه می‌دهیم که امکان استخراج همزمان DNA و پروتئین‌ها از یک نمونه واحد از سنگ‌های دندانی باستان شناسی را فراهم می‌کند. ما پروتکل مربوط به سنگ دندانی را از شش فرد از طیف وسیعی از دوره‌های زمانی و برآورد وضعیت حفظ ارزیابی می‌کنیم و آن را با پروتکل‌های فقط DNA و پروتئین قبلاً منتشر شده مقایسه می‌کنیم. ما در می‌یابیم که بسیاری از جنبه‌های تجزیه و تحلیل پایین دست توسط پروتکل یکپارچه تغییر نکرده است، اگرچه تغییرات جزئی در پروتئوم بهبود یافته مانند از دست دادن جزئی پروتئین‌های آب دوست می‌تواند شناسایی شود. بازیابی کل پروتئین هم به مقدار ماده اولیه و هم به انتخاب پروتکل استخراج بستگی دارد، در حالی که با استفاده از پروتکل یکپارچه (میانگین ۴۳٪) بهبودی کل DNA به طور قابل توجهی کاهش می‌یابد. با این وجود، بهبود کل DNA از سنگ دندانی به طور کلی بسیار زیاد است و ما هیچ تفاوتی در مشخصات قطعه DNA یا مشخصات طبقه بندی بین پروتکل‌ها پیدا نکردیم. در نتیجه، پروتکل یکپارچه امکان استخراج همزمان دو خط مکمل از شواهد زیست مولکولی را از سنگ دندانی باستان شناسی بدون به خطر انداختن نتایج پایین دست فراهم می‌کند، در نتیجه نیاز به تجزیه و تحلیل مخرب این منبع محدود را به حداقل می‌رساند.

ادامه مطلب

راهنمای خرید:
  • لینک دانلود فایل بلافاصله بعد از پرداخت وجه به نمایش در خواهد آمد.
  • همچنین لینک دانلود به ایمیل شما ارسال خواهد شد به همین دلیل ایمیل خود را به دقت وارد نمایید.
  • ممکن است ایمیل ارسالی به پوشه اسپم یا Bulk ایمیل شما ارسال شده باشد.
  • در صورتی که به هر دلیلی موفق به دانلود فایل مورد نظر نشدید با ما تماس بگیرید.

Title: A unified protocol for simultaneous extraction of DNA and proteins from archaeological dental calculus

Abstract

 Archaeological materials are a finite resource, and efforts should be made to minimize destructive analyses. This can be achieved by using protocols combining extraction of several types of biomolecules or microparticles, which decreases the material needed for analyses while maximizing the information yield. Archaeological dental calculus is a source of several different types of biomolecules, as well as microfossils, and can tell us about the human host, microbiome, diet, and even occupational activities. Here, we present a unified protocol allowing for simultaneous extraction of DNA and proteins from a single sample of archaeological dental calculus. We evaluate the protocol on dental calculus from six individuals from a range of time periods and estimated preservation states, and compare it against previously published DNA-only and protein-only protocols. We find that most aspects of downstream analyses are unaltered by the unified protocol, although minor shifts in the recovered proteome can be detected, such as a slight loss of hydrophilic proteins. Total protein recovery depends on both the amount of starting material and choice of extraction protocol, whereas total DNA recovery is significantly reduced using the unified protocol (mean 43%). Nevertheless, total DNA recovery from dental calculus is generally very high, and we found no differences in DNA fragment characteristics or taxonomic profile between the protocols. In conclusion, the unified protocol allows for simultaneous extraction of two complementary lines of biomolecular evidence from archaeological dental calculus without compromising downstream results, thereby minimizing the need for destructive analysis of this finite resource.
دیدگاهتان را بنویسید